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Q1:如果纯化产物用于文库构建,但是使用的是Nuclease-free H2O洗脱的,如何操作?
若条件允许,加入等体积2 ×Frag/Prime Buffer,之后反应体系均放大,直至做到纯化步骤,恢复体系,也可以再次使用VAHTS® RNA Clean Beads (Vazyme #N412)进行纯化,最后用Frag/Prime Buffer洗脱。
Q2:纯化产物可以保存多久?
纯化产物可以在-20°C保存一天,在-80°C保存一个月。
Q3:如果文库浓度过低,可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?
以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度都能达到上机测序要求,如果无法提供合格的RNA样品,可尝试使用以下方法弥补:
◇起始量:提高样品起始量,最大可做到5 μg;
◇做几个重复的样品,到二链合成纯化步骤合并在一起,或做到文库扩增前合并在一起;
◇做不分选方案:94°C 8 min打断条件下RNA片段虽然偏小,但是分布会很集中,均一性也较好,有些个性化样品会出现打断不均一、某些大小的片段较多,经过PCR更明显,出现刺峰,这种情况在不分选方案中出现很少。
Q4:本试剂盒是否适合用于small RNA文库制备?
不适用。因为small RNA的长度仅为22 nt左右,而磁珠抓取片段最低为100 bp以上,无法有效富集到small RNA片段。