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1. 纯化产物可以如何保存?
答:纯化产物由于浓度较低容易降解,去除Globin mRNA 和rRNA的样品应尽快进行下游实验,否则 于-80 ~ -65 ℃保存。
2. 如果纯化产物用于文库构建,但是使用的是Nuclease-free ddH2O洗脱,如何操作?
答:使用VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for Illunima (Vazyme #NR605)时,若条件允许,加入等体积的VAHTS 2 × Frag/Prime Buffer (Vazyme #N402 ),之后反应体系均放大,直至做到纯化步骤,恢复体系;也可以再次使用VAHTS RNA Clean Beads (Vazyme #N412)进行纯化,最后用Frag/Prime Buffer洗脱。
3. 如果起始文库浓度过低,可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?
答:Globin mRNA & rRNA去除后RNA的产量取决于起始RNA的质量、样品中rRNA的含量和使用的纯化方法。以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度均能达到上机测序要求,如果无法提取合格的RNA样品,可以尝试使用以下方法弥补:①起始量:提高样品起始量,上限1 μg;②做几个重复的样品,到纯化步骤后合并在一起;③做不分选方案:94℃ 8 min打断条件下RNA片段虽然偏小,但是分布会集中,均一性也较好。