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Q1:无扩增产物或者产物量很少。
A1:(1) 核对引物设计,确认引物的纯度和浓度。
(2) 重复实验,确认反应体系配制、反应程序设置无误。
(3) 增加循环数。
(4) 提高Mg2+ 浓度。
(5) 优化退火温度。
(6) 尝试不同的血液用量。
Q2:产物呈现高分子量弥散条带。
A2:(1) 扩增样品电泳检测前离心取上清。
(2) 延伸时间不应超过60 sec/kb。
(3) 优化退火温度。
(4) 尝试不同的血液用量。
(5) 减少总循环数。
(6) 降低引物浓度。
Q3: 产物呈现低分子量分散带。
A3:(1) 扩增样品电泳检测前离心取上清;
(2) 提高退火温度;
(3) 尝试不同的血液用量;
(4) 降低引物浓度;
(5) 减少总循环数;
(6) 重新设计引物。
Q4: 全血扩增引物设计注意事项。
A4:(1) 引物3’端最后一个碱基选择C或G。
(2) 引物3’端最后8个碱基应避免出现连续错配。
(3) 引物3’端尽量避免出现发夹结构。
(4) 引物Tm值控制在60℃-72℃之间(推荐使用软件Primer Premier 5进行计算)。
(5) 引物额外附加序列,即与模板非配对序列,不应参与引物Tm值计算。
(6) 引物GC含量控制在40%-60%之间。
(7) 正向引物和反向引物Tm值以及GC含量尽可能一致。