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Q1、采用其他软件设计的茎环逆转录引物及定量引物,能否使用Vazyme #试剂盒(MR101+MQ101)?
A1:可以的。逆转录时可参照说明书直接投入其他软件设计的茎环逆转录引物(2μM浓度),且后续定量实验直接投入相应的定量上下游引物即可。注:若其他软件默认的茎环引物与Vazyme miRNA 引物软件默认的相同,后续搭配MQ101无需合成反向引物,可以使用MQ101自带的mQ Primer R;若茎环引物序列不同,则MQ101提供的mQ Primer R无需使用,需合成正反向引物。
Q2、内参是否需要设计茎环引物及如何逆转录和定量的引物如何使用?
A2:若选择U6等较长的基因作为内参基因,由于序列相对较长,无需设计茎环逆转录引物,直接使用常用的Primer Premier 5等软件设计即可,逆转录时投入内参下游引物(2μM浓度),且后续定量实验直接投入内参的上下游引物即可。如果选择长度较短的miRNA作为内参,需要设计茎环引物进行逆转录,推荐使用Vazyme miRNA 引物设计软件设计逆转录引物和qPCR引物。
Q3、如果要研究多个miRNA定量实验,是不是每个miRNA均要单独设计一条茎环引物进行逆转录?
A3:是的,针对每个miRNA都要设计一条茎环逆转录引物,一管反应中只能逆转一个miRNA(内参也是一样),即不同逆转录引物均需要分管逆转录。
Q4、在逆转录时,多个茎环逆转录引物/内参引物是否可以在同一管中进行?
A4:不推荐。在一管中同时投入多个茎环逆转录引物进行多个miRNA逆转录时,不同特异性茎环引物茎环结构之间会产生相互干扰和影响。
Q5、逆转录体系应该投入多少RNA?
A5:如果提取的是Total RNA,MR101可以兼容10 pg-1 μg的RNA投入量,但是不同miRNA表达丰度不同,建议尽量投入0.5-1 μg RNA。如果提取的是miRNA,逆转投入量参考1/10-1/5 total RNA的量加入,具体还是要根据目标miRNA的丰度来调整。
Q6、miRNA为什么要合成茎环引物?
A6:因为miRNA较短,如果使用普通逆转录和定量方法,无法设计定量引物,需要在逆转录阶段将cDNA延长。